Der HSV hat in Deutschland und im Ausland mehr als 800 offiziell registrierte Fanclubs. Bedeutende Fanclubs sind unter anderem Rautengeil Fallingbostel, Hermanns Treue Riege, Totale Offensive e.V. und die Wilhelmsburger Jungs. Die Gruppierungen Poptown und Chosen Few sind bekannte Ultrà-Gruppierungen des HSV. Bis in die 1980er hinein einer der bekanntesten Fanclubs waren die Rothosen, der älteste HSV-Fanclub (gegründet im April 1972). Dieser Club besteht heute noch und hat ca. 40 Mitglieder. Der Business-Fanclub des Hamburger SV wurde im Jahre 2006 vom HSV als offizieller Fanclub eingetragen. Dieser Fanclub wurde von Unternehmern gegründet und vereint sportliches mit geschäftlichem Interesse. Seit der Saison 2006/2007 hat der Hamburger Sport-Verein mit Blue Pride einen Fanclub für schwule und bisexuelle Fans. Dieser Fanclub erhielt in der Sommerpause 2007 den Status eines offiziellen Fanclubs. Wegen ihrer Aggressivität berüchtigt waren Die Löwen, aus deren Reihen heraus es am 16. Oktober 1982 zum Totschlag am Bremer Fan Adrian Maleika kam.